Основной задачей подготовки является обеспечение государственных и коммерческих судов квалифицированными кадрами плавсостава в целях:

• обеспечения роста перевозок грузов и пассажиров на социально значимых маршрутах, развития приграничных регионов, что позволит существенно поднять уровень транспортного обеспечения таких районов страны, как Крайний Север и Дальний Восток, в том числе с использованием Северного морского пути, транспортного сообщения с Калининградской областью;
• развития деловых поездок пассажиров за счет пополнения флота скоростными судами и создания рынка водного такси (прежде всего в г. Москве и Московской области);
• повышения безопасности мореплавания и судоходства;
• развития связи и навигации посредством модернизации существующих и внедрения новых средств управления движением судов, связи, спутниковой навигации и информатизации.

Студенты обучаются в соответствии с Российскими и международными требованиями к судоводителям и получают соответствующие международные сертификаты. Дипломы выпускников академии по данной специальности имеют международный статус и дают право занимать должности командного состава на морских и речных судах российских и зарубежных судоходных компаний, а также работать в береговых структурах транспортной сферы. В распоряжении академии имеются различные тренажеры, использующиеся во время учебного процесса и предназначенные для обучения и сертификации вахтенных офицеров, старших помощников, капитанов и лоцманов торговых судов. Тренажеры соответствуют требованиям Конвенции ПДНВ и требованиям модельных курсов IMO (Международной морской организации), а также позволяют проводить обучение по программам, не упоминаемым в Конвенции.